Welke genen worden geactiveerd bij stress? Waarom bevorderen sommige bacterieën immuniteit? Hoe ontstaat kanker? Hoe wordt een microbe een ziekteverwekker? Om dit soort vragen te beantwoorden worden er vaak grote datasets –“Big Data” gecreëerd. In deze gevallen is analyse van de resultaten met eenvoudige middelen (Excel etc.) niet meer werkbaar.
Om hiermee om te gaan gaat de student leren hoe Big Data gebruikt kunnen worden in het oplossen van biologische vraagstukken (experimental design), welke statistische analyses er gedaan kunnen worden en hoe de resultaten hiervan gevisualiseerd kunnen worden. Studenten leren omgaan met websites en eenvoudige R-scripts die analyse, modellering en visualisatie mogelijk maken. Deze skills worden aan de hand van biologische voorbeelden in de praktijk gebracht (computerpractica en zelfstudie) en door de student in een practicum verslag weergegeven.
Studenten zullen deelnemen aan projecten die verschillende typen biologische data gebruiken. Transcriptomics (RNA-seq) data bijvoorbeeld, dit kan inzicht geven in welke processen die als reactie op een stimulus aangeschakeld worden. Studenten vergelijken een controle en een behandelde situatie om verschillen te identificeren en de biologische processen achter de response te identificeren. Tegenwoordig is het eenvoudig en goedkoop om het genoom van microbe (bacterie / schimmel) compleet te sequencen. Door verschillende genomen met elkaar te vergelijken kunnen we identificeren welke genen ten grondslag liggen aan bepaalde eigenschappen en evolutionaire veranderingen in biologische processen reconstrueren. Met Next Generation Sequencing technieken kunnen we complexe microbiële ecosystemen in kaart brengen en interacties tussen microben en hun omgeving blootleggen.
Het project:
Studenten bewerken zelf een dataset behorend bij een biologische vraagstelling en presenteren hun resultaten. In deze cursus zal ook aandacht besteed worden aan data management en ethisch aspecten van Big Data. Hoe gaan wetenschappers om met data uit publieke projecten?